2005年
重庆綦江水污染事件
从2005年1月3日起，因取水点被上游重庆华强化肥有限公司排放的废水所污染，导致水厂停止供水，重庆綦江古南街道桥河片区近3万居民断水两天，綦江齿轮厂也因此暂停生产。
浙江嘉兴遭遇污染性缺水危机
2005年3月中旬，浙江省嘉兴市街头出现了各类节水宣传品，要求居民们用淘米水洗菜，用洗衣水擦地，或者在抽水马桶水箱里放砖头以节约冲水量。该市居民的用水价格也从每吨1.65元涨至1.9元。调查表明，尽管嘉兴河网密集，是闻名天下的“水乡”，但因上游的过境水污染，嘉兴达标的可用水十分缺乏。
黄河水沦为“农业之害”
2005年，黄河流域一些地区的农作物出现减产甚至绝收，原因是从青海经甘肃、宁夏至内蒙古的黄河沿岸，能源、重化工、有色金属、造纸等高污染工业企业林立，废污水排放量逐年增大，大量未达标的工业废水直接排入引支渠，导致黄河沿岸部分灌溉面积近似于污水灌溉，黄河水沦为“农业之害”。
松花江重大水污染事件
2005年11月13日，中石油吉林石化公司双苯厂苯胺车间发生爆炸事故，造成5人死亡、1人失踪，近70人受伤。爆炸发生后，约100吨苯、苯胺和硝基苯等有机污染物流入松花江，导致江水严重污染，沿岸数百万居民的生活受到影响，吉林省松原市、黑龙江省哈尔滨市先后停水多日。顺流而下的污染甚至威胁到俄罗斯哈巴罗夫斯克边疆区，造成严重的国际负面影响。此次事件还暴露出信息不公开、危机处理能力不足等弊端，如哈尔滨曾出现谣言四起、抢购饮用水等恐慌场面。
事后，国务院调查组认定这是一起特别重大水污染责任事件，对12名事故责任人作出党纪、政纪处理，原国家环保总局局长解振华为此辞职。5年间，国家为松花江流域水污染防治累计投入治污资金78.4亿元。
广东北江镉污染事故
2005年12月15日，广东北江韶关段出现严重镉污染，高桥断面检测到镉浓度超标12倍多。北江是珠江三大支流之一，也是广东各市的重要饮用水源，因韶关地处北江上游，此次污染直接威胁下游近千万群众的饮水安全和成千上万企业的正常用水，部分城市自来水供应停止。经调查，事故起因是韶关冶炼厂设备检修期间违法超标排放含镉废水所致。
2006年
河北白洋淀死鱼事件
2006年2月和3月，素有“华北明珠”美誉的华北地区最大淡水湖泊白洋淀，接连出现大面积死鱼。调查结果显示，死鱼事件的主因是水体污染较重、水中溶解氧过低，最终造成鱼类窒息。据统计，河北任丘市所属9.6万亩水域受到污染，水色发黑，有臭味，网箱中养殖鱼类全部死亡，淀中漂浮着大量死亡的野生鱼类，部分水草发黑枯死。
吉林忙牛河水污染事件
2006年8月21日，吉林省吉林市环保局接到群众举报，忙牛河附近发生化工污染。经现场勘察，发现部分水质呈红色，并伴有少量泡沫，污染物为二甲基苯胺，并形成长约5公里的污染带。经调查，此次事故系吉林长白山精细化工有限公司向忙牛河中人为排放化工废水所致。
湖南岳阳砷污染事件
2006年9月8日，湖南省岳阳县城饮用水源地新墙河发生水污染事件，砷超标10倍左右，8万居民的饮用水安全受到威胁。经调查，造成此次污染的祸首是上游3家化工厂，因日常性排放工业污水，致使大量高浓度含砷废水流入新墙河。
四川泸州电厂重大环境污染事故
2006年11月15日，四川泸州川南电厂工程施工单位在污水设施尚未建成的情况下，开始燃油系统安装调试，造成柴油泄漏混入冷却水管道并排入长江。当天，该企业报告进入长江的柴油为0.38吨，经环保部门督查，次日再报进入长江的柴油实为16.945吨。这起事故导致泸州市城区停水，并进入重庆境内形成跨界污染。
事后，国家环保总局认定这是一起重大环境污染事件，泸州川南发电有限公司被处20万元人民币的经济处罚，公司相关责任人被分别处以扣减奖金、撤销职务等处罚。2007年5月15日前，四川环保局暂停审批沪州市除污染治理项目外所有新建项目。
